Efectuar a quarentena a peixes recentemente adquiridos é um bom hábito para qualquer aquário, mas não é absolutamente necessário para obter sucesso. A quarentena trata apenas de manter os peixes isolados num outro aquário pelo período de tempo necessário até se ter a certeza que não são portadores de qualquer doença. Muitos principiantes sem aquário de quarentena não têm quaisquer problemas, e argumentam em desfavor de adicionalmente montar um aquário com esse fim com base no preço. Um tanque de quarentena custa de facto mais, mas se o aquariófilo já tem milhares de escudos investidos em peixes, é mais barato possuir um aquário de quarentena separadamente do que substituir os peixes mortos por uma doença recentemente introduzida. Além disso, muitos de nós ficamos ligados aos peixes e não queremos pôr os nossos animais de estimação expostos a doenças trazidas por peixes novos, independentemente do custo.
O propósito de efectuar quarentenas é o de evitar a introdução de novas doenças a um sistema estável, e ser capaz de observar melhor os novos peixes para eventuais sinais de doença. Um aquário de quarentena pode também desdobrar-se em aquário hospital para peixes doentes. Estes aquários hospital são bons pois baixam o custo do uso de medicamentos e mantêm os peixes doentes separados dos saudáveis. A quarentena é provavelmente mais importante para aquários de água salgada e de recife de coral por causa da dificuldade do tratamento das doenças, ou nos peixes de água doce apanhados no meio natural porque estes provavelmente não estão isentos de doenças. A quarentena pode ela própria colocar os peixes em stress, por isso deve-se verificar se esta é correcta para evitar factores que levem ao stress.

Montar um aquário de quarentena ou hospital:

- Manter um filtro extra - de esponja é o ideal - ou de lã de vidro num aquário já estabelecido, de maneira a que não se tenha de estar permanentemente a começar a filtragem biológica do aquário de quarentena de início. Algumas pessoas usam em alternativa para manter o filtro biológico activo guppies ou zebras (para aquários de quarentena de água doce) e mollies (para aquários de quarentena de água salgada)

- Se não se mantiver o aquário montado, deve-se usar água envelhecida para enchê-lo. Assim: água envelhecida + filtro estabelecido = aquário instantaneamente estabelecido.

- Adicionar uma bomba de ar e termóstato extra. Se não se andou a mexer no termóstato durante o seu armazenamento, este deve vir programado como da última vez que o guardámos.

- Num aquário hospital, deve-se efectuar mudanças de água frequentes (inclusive todos os dias). Se possível, efectuar a quarentena a todos os peixes recém adquiridos por um período de cerca de 3 semanas. Durante esse tempo, aclimatar gradualmente os peixes aos parâmetros do aquário a que se destinam: dureza, pH, salinidade, temperatura, etc. Observar e tratar quaisquer sinais de doença.

- Não se deve medicamentar peixes em quarentena tendo como argumento "é só para prevenir".

- Tratar apenas doenças evidentes e perfeitamente identificadas. Tratar os peixes de quarentena com um conjunto de medicamentos terá apenas como fim peixes enfraquecidos e bactérias resistentes a antibióticos.

Uma vez terminada a quarentena, se se tratou de alguma doença particularmente séria, é bom desinfectar o aquário e restabelecer o filtro biológico. Lixívia ou água bastante salgada (para água doce) funcionam bem. No entanto deve-se certificar se todos os traços de lixívia são eliminados (bem lavados). Outro bom desinfectante é o permanganato de potássio.
Se não se decidir pela quarentena, não se deve adicionar água armazenada ao aquário que tem os peixes recém adquiridos.